隨著台灣第一起H7N9病例的發現，不僅受到國外媒體的重視，台灣人民人人自危，正處在禽流感的恐慌中。然而禽流感的問題並不是今年才爆發。2011年發表《不能戳的祕密》，揭露農委會隱匿禽流感問題，並控訴時任農委會防檢局的局長許天來必須為此負責。這部影片當時造成社會轟動，也讓相關官員等面臨司法調查和社會監督，然而事情尚未落幕，李惠仁發現農委會隱匿疫情的問題仍然存在，所以他沒有停止對於這個問題的追查，還在今年5月13日首映《不能戳的祕密2》，希望所有人民知道病毒除了被隱匿，目前仍在台灣靜默傳播、更可能持續擴大，諷刺的是，造成這樣問題，幕後黑手不是別人，正是負責防疫、口口聲聲為人民好的負責官員。

為何秘密不能不說？

2004年台灣首度爆發H5N2禽流感疫情，當時官員聲稱H5N1是高病源，H5N2是低病源，低病源不會傳染給人類所以不需撲殺。然而在拍攝紀錄片的過程中，李惠仁導演帶領讀者逐一解密，將抽象的科學語言轉換成為可以理解的事實，於是我們可以發現，2008、2009年H5N2從低病源轉為高病源。
紀錄片一舉將不能戳的秘密戳了一個大洞，媒體跟進報導讓農委會也從一開始的打死不承認，轉而承認發生過H5N2高病源禽流感，但卻從未說明自2005年至2007年這空白的三年間，為何沒有任何禽流感相關資料。農委會為何如此荒謬？

故事並不就此落幕，因為《不能戳的祕密1》所引起的社會關注，讓立法院成立禽流感調閱專案小組，過程中將部分機密文件解密。李惠仁也因此進一步發現，2009年的一份會議記錄中竟然發現十九筆難解的密碼，他繼續追蹤後發現，那些密碼正是禽流感毒株的命名，其中一株還是農委會副主委王政騰友人的台南養雞場，被檢測出H5N2高病原病毒株，經過病毒株親緣關係分析屬於同一家族。農委會隱匿禽流感高病原疫情的秘密，再度被戳破！

於是李惠仁指控這些毒株都曾送往家畜所檢驗，為何檢驗結果不公布？如此重大的疫情竟用特殊符號隱匿起來，讓外行人霧裡看花乾脆放棄。

秘密之後還有秘密

談到拍攝紀錄片最困難的部份，李惠仁說他花了六年的時間與一百多萬元，想說的只有一件事，就是負責簡易的防檢局不應該發現禽流感病毒卻一再隱匿。根據現行規定，國內一旦檢驗出禽流感病毒，各單位就必須通報防檢局，防檢局再通報給世界動物衛生組織OIE，同時依據標準程序，實施防堵病毒擴散的各種必要手段，包括立即撲殺雞隻。
然而這樣的程序卻從通報就出問題，因為負責的主管機關不願意依照ＯＩＥ的認定病毒標準，在面對媒體質疑時，官員還使用含糊不清、看似科學的語言來矇騙。隨著政府公然違反OIE規範的祕密被戳破後，官員又改口說，台灣防疫作法是參考規範後再依據台灣實際情況考量產業衝擊，才決定是否採取必要因應措施。
李惠仁說，但思考產業衝擊分明是畜牧處的職掌，卻被防檢局拿來當失職的擋箭牌，凸顯政府防疫的思慮不周，以及不合理。

在經歷了秘密一再被戳破、負責官員因此下台等問題，如今的農委會是否學到教訓？防疫工作是否更加落實？從紀錄片和李惠仁的調查來看，情況或許不樂觀。

面對這樣的困境，有人建議李惠仁直接投書OIE或國際媒體，設法讓國內官員重視，然而李惠仁卻說他還是做不到。他認為一旦寄出這些資料對台灣將是很大的傷害，更多國家會假借台灣防疫不佳之名要求進口肉品。此外，台灣的雞農才是最大的受害者，他們獲利不多且無知卻又特別容易遭到操弄。利用國際壓力壓台灣或許是最快的解決方式，卻無法預料背後要承受的結果。

還得一戳再戳

有人問，李惠仁是否會拍第三集，他說說不希望但機會很大。拍攝第一集時就認為不會拍第二集的他，現在又面臨了是否要繼續追查下去的窘境。按照目前官員的處理態度，李惠仁表示第三集的條件已經形成，但那是台灣人民的身家性命與健康福祉，怎麼會樂見呢？

首映會後，背著他所有器具的大包包繼續往返地檢署控告官員，李惠仁沒有說話，卻告訴社會，他的調查、對官僚的監督，還會繼續下去。

請參看：
PNN-李惠仁《不能戳的秘密》2 國家機器-發表會談話http://www.youtube.com/watch?v=qe9YlcEhQ70