某次參觀部落時發生的事件，深刻影響了他日後對於原住民部落的關懷。高有智回憶說:「那時我們要去參觀部落的地下屋，突然有兩個幼稚園小朋友出現，他們將我們攔住要錢，告訴我，進來他們的地方就要給錢。他們不斷地拉扯，沿途跟著我們，甚至拿起石頭就丟，要把我們趕出去，只因為我不給錢。」直到後來高有智進入部落和當地耆老問候聊天，那孩子的態度才開始轉變。「短短不到幾十分鐘的時間，這個孩子從跟我伸手要錢、拿石頭丟我，到後來主動拉著我，帶我去海邊一起玩水，甚至奮力地用生命向我展示跳水絕活，跳好多次，即使撞到胸口紅腫，還是奮力地跳。」
那次事件，高有智受到非常大的衝擊，他想不透為什麼這麼小的孩子，竟然在沒有接觸過觀光資訊文化之前，就會伸手向觀光客要錢，從未看過觀光文化的書籍，可是觀光文化卻已經深植這些孩子的內心。究竟是什麼樣的文化在這塊土地上不斷複製，甚至影響這些單純的孩子？ 當他們脫下外衣回到最根本，其實就是個願意把大家當朋友、願意帶著陌生人到海邊告訴他們海有多美、他們有多喜歡這片土地的一群可愛又純真的孩童。
「他們是在什麼樣的觀光文化裡面長大的，我想多了解一些，也希望讓他們有機會為他們自己講話，或者跟他們一起努力讓台灣社會變得不一樣。」那次經驗之後，高有智持續走進原住民部落，親身的去接觸、互動，深入了解原住民議題，期望有機會聽見他們的聲音，甚至幫助他們發聲。
【在中國時報的日子】
高有智的第一份工作是在台灣教會公報服務，在當時屬於獨立／另類媒體，磨練了一段時間，他決定進入主流媒體學習，了解大報的運作方式，於是選擇到中國時報工作。「中國時報曾經是讓人佩服的報紙，無論是對自由體制的思考或是對時事議題的針砭，雖然黨國體制下有某種程度的包袱，但至少在衝撞或是整個民主化的過程也扮演一定的角色。我也是懷抱這樣的憧憬和嚮往，希望到中國時報看一下。」
進入中時以後，高有智依然堅持他在NGO、原住民、環境、農業等領域的關懷。「原住民朋友這一塊影響到我的生命，我想要去做一些不一樣的事情，我想當記者。進入中國時報後，我很努力扮演這個角色，雖然只有2{b45b4e8054f30de3cdbef933dce5bb53e574504aa7c9501adf0d2cc9cc047453}的人口，但對我來說這很重要，因為這影響了我為什麼要當一個記者。」
在中國時報的期間，高有智和何榮幸合作過許多專題，諸如「傳承時代回憶─消失與重生」、「尋找祖先的路－原住民文化的消失與重生」、「休耕啟示錄」，到後來製作「我的小革命」等等。對他而言，專題的背後都有訴說不盡的有趣故事和重要性，以第一個卓越新聞獎「休耕啟示錄」為例，他們發現休耕問題不只是經濟問題，其實更深層影響的是整個產業甚至是整個農村社會與文化。
「想要成為一個不一樣的新聞工作者，如何把握初衷，努力去爭取，真的很重要。想盡各種方法說服，一個人說服不了，就找一個團隊去說服，一個團隊說服不了再找兩個團隊去說服，總是有可能有一天在夾縫裡面開出一朵花。你會慢慢發現一路走來真的開了許多花。」高有智以調查採訪室的「消失與重生」專題來舉例，當時決定把專題的第一個版面拿來談「獵人」是非常大的挑戰，因為報社不認同用一個版面去介紹獵人。但是，經過團隊不斷地說服和爭取，最終還是做到了！
美好的時光直到中國時報易主蔡衍明後開始產生變化，高有智發覺以前那個多元、自由主義作風、尊重記者的中國時報在慢慢變質，逐漸變成尊重報老闆的意志，從兩岸到涉己事務無一例外，最後讓他決定離開中時是因為「黃國昌事件」。中國時報當時為了對抗反媒體壟斷主要人物黃國昌，極盡各大版面批評、醜化黃國昌，雖然高有智身處調查採訪室，但他認為：「身處在一台坦克車裡面，即使開槍開炮的不是我，可是我沒辦法說服自己，我沒有殺人。而且殺的人是我當初最覺得台灣應該要去支持的社會公民的力量，我沒有辦法閉著眼、摀著耳朵，我無法說服自己這件事不會和我所信仰的價值產生衝擊。」於是他連那一年的年終都沒有領，就毅然決然離開中國時報。